Nació en Dublín y creció al sur de Londres, donde su familia se estableció en 1949.1​ Estudió en el Croydon College of Art y en la Universidad de Newcastle upon Tyne. Recibió una beca para ir a estudiar a la Universidad de Harvard a principios de la década de 1970 y desde entonces se estableció en Nueva York.

Scully fue nominado para el premio Turner en 1989 y en 1993. Ha expuesto ampliamente por toda Europa y los Estados Unidos, con presencia en algunos de los museos más importantes del mundo, incluyendo el Museo Metropolitano de Arte, el Museo de Arte Moderno de Nueva York, y el Museo Solomon R. Guggenheim de Nueva York, la Galería Nacional de Arte y el Smithsonian, entre otros muchos.2​

En 2015 inauguró el Espai d’Art Sean Scully, una instalación permanente en la capilla del Monasterio de Santa Cecília de la Montaña de Montserrat.3​

Scully que vivió y trabajó entre Nueva York y Múnich, donde ejerció de profesor en la academia de bellas artes, tuvo como residencia habitual Barcelona, hasta que en 2019 decidió mudarse con su familia a Aix-en-Provence harto del catalán y del nacionalismo, comentando que le dijeron que habían llegado a decirle a su hijo que en patio del colegio tenía que hablar en dicha lengua